L'établissement est dirigé depuis le 06 octobre 2025 par Anne GIRARD.
L'EPSM des Flandres est administré par un Conseil de Surveillance présidé par Nicolas Lefebvre, représentant de la commune de Bailleul. Le Docteur Éric Salomé, pédo-psychiatre, préside la Commission Médicale d'Etablissement (CME).
L'EPSM des Flandres est intégré dans le Groupement Hospitalier de Territoire (GHT). La mise en place des GHT est l'une des mesures de loi de modernisation du système de santé français. Afin d'améliorer le service rendu aux patients et d'assurer une égalité d'accès aux soins pour tous, les professionnels se coordonnent et mettent en œuvre sur le territoire une stratégie médico-soignante commune. Celle-ci se formalise par un projet médical partagé et des fonctions supports mutualisées pour affecter les moyens nécessaires au déploiement : Système d'information, Département d'Information Médicale, Achats, Instituts de formation.